Noch über dreihundert Jahre nach dem Bau beretitete der El Morro genannte Teil der Befestigungswerke von La Fortaleza in San Juan, der Hauptstadt von Puerto Rico, der US-Marine einige Probleme. Im spanisch-amerikanischen Krieg 1898 hatte sich eine spanische Besatzung hier verschanzt, die erst aufgab, als die Gesamtlage aussichtslos geworden war.
Sonst hätten die Marines sicher noch erheblich länger mit den Mauern von El Morro zu tun gehabt. So konnten sie das Fort relativ unbeschädigt übernehmen und dort 1942 eine unterirdische Bunkeranlage einbauen. Den Rest ließ man seit 1992 aus Gründen des Denkmalschutzes restaurieren, so dass er heute wieder in alter Wehrhaftigkeit droht.